EM steht für Effektive Mikroorganismen und ist eine Mischung aus Mikroorganismen. Effektive Mikroorganismen beinhalten eine Mischung aus Photosynthesebakterien (Rhodopseudomonas palustris), Milchsäurebakterien (Lactobacillus casei, Lactobacillus plantarum) und Hefen (Saccharomyces cerevisiae). Effektive Mikroorganismen beeinflussen die mikrobielle Umwelt in der Art, dass die aufbauenden Mikroorganismen vorherrschend werden. Dadurch wird eine Umwelt geschaffen, in der Mikroorganismen mittels Fermentation eine positive Rolle in Bezug auf Pflanzenwachstum, -qualität und Bodenfruchtbarkeit spielen. Fermentativer Abbau wird stimuliert und Fäulnis verschwindet, wodurch weniger Energie verloren geht. Ein Boden, in dem die aufbauenden Mikroorganismen dominieren, kann optimale Produktionsniveaus schaffen, Krankheiten unterdrücken und Produkte von höherer Qualität erzeugen.

Es ist bereits wissenschaftlich erwiesen, dass es eine Reihe von anaeroben Mikroorganismen gibt, die in Milieus (über)leben, die diese 1000 °C noch wesentlich überschreiten. Auch Effektive Mikroorganismen enthalten Photosynthesebakterien, die in den unwirtlichsten Gegenden der Welt (Vulkanen, Schwarzen Rauchern) ihren Lebensraum nehmen.